ศูนย์ความหลากหลายทางชีวภาพ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เป็นศูนย์ที่จัดตั้งขึ้นเพื่อทำการวิจัยและสร้างองค์ความรู้ด้านความหลากหลายทางชีวภาพและทรัพยากรชีวภาพของพืช สัตว์ และจุลินทรีย์ ในประเทศไทย รวมทั้งสร้างฐานข้อมูลเกี่ยวกับความหลากหลายทางชีวภาพ และทรัพยากรชีวภาพทั้ง พืช สัตว์ และจุลินทรีย์ที่เกิดจากการวิจัยของอาจารย์ นักวิจัย และนิสิต มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์  เพื่อเป็นข้อมูลสำหรับอาจารย์ นักวิจัย และนิสิต มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ รวมทั้งผู้ที่สนใจในทรัพยากรชีวภาพของประเทศไทยที่สามารถนำไปใช้สำหรับการวางแนวทางการวิจัยด้านความหลากหลายทางชีวภาพ และการบริหารจัดการ เพื่อการอนุรักษ์ทรัพยากรชีวภาพในประเทศอย่างมีประสิทธิภาพและยั่งยืน พร้อมทั้งเป็นแหล่งเก็บรักษาทรัพยากรชีวภาพของอาจารย์ นักวิจัย และนิสิต มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ซึ่งมีศักยภาพสำหรับนำไปต่อยอดสู่งานวิจัยประยุกต์ใช้ในด้านเกษตรและอาหาร ที่สามารถสนับสนุนให้ประเทศชาติเข้าสู่การพัฒนาเชิงเศรษฐกิจฐานชีวภาพได้ นอกจากนี้ศูนย์ความหลากหลายทางชีวภาพฯ ยังมีเป้าหมายในการสร้างทรัพยากรมนุษย์ที่มีความรู้และความเชี่ยวชาญด้านอนุกรมวิธาน ความหลากหลายทางชีวภาพ และการใช้ประโยชน์ทรัพยากรชีวภาพของพืช สัตว์ และจุลินทรีย์